Když do města 800 dorazil sarkofág, nachází se před kostelem Sv. Porota, která byla na místě dnešního kostela. Obyvatelé Rovinje však požadovali větší kostel, který by byl hoden sarkofágu s tělem sv. Eufemie a v roce 950 byl postaven nový kostel. Jednalo se o třílodní baziliku se třemi půlkruhovými apsidami. Ve středu kostela byl sarkofág a od té doby patroni města Rovinj Sv. Juraj a Sv. Eufemie. Po několika stoletích stálých výdajů a obnovy se znovu objevila potřeba nové církve. Současný kostel sv. Eufemie a sv. George.
Dne 8. prosince 1720 bylo rozhodnuto vybudovat nový velký kostel, ale první konkrétní kroky byly přijaty o něco později. V roce 1724 svěřil Výbor pro stavbu církve benátskému architektovi Giovanni Scalfarottu (1690-1764), který byl jedním z nejvýznamnějších architektů první poloviny XVIII. století. Scalfarotto v té době již v Benátkách začalo stavbu kostela S. Simeone z Giudy, jedné z nejdůležitějších staveb klasicismu XVIII. století. Projekční kostel pro Rovinj navrhl řešení, které Rovinj nepřijal. Kostel neměl tři lodě (to, co požadovali Rovinjové), protože jeho velikost musela zničit kostel Sv. Josip měl zrušit nově vybudovaný absces, který by měl zapadnout do projektu. Scalfarotto bylo hlavní vstupní fasádou obrácenou na ostrov Sv. Catherine, která dále rozzlobila obyvatele Rovinju, kteří požadovali třílodní stavbu, ve které bude shromážděna nedávno dokončená apsida a okolní budovy nezničí. Scalfarotto, navzdory všem, vytrvale požadoval zmíněnou demolici a stavbu podle svého projektu, takže představenstvo pro stavbu kostela dne 13. dubna 1724 osvobodilo každou povinnost zaplatit mu 80 dukátů.
Pozvali také z Benátek architekta Giovannia Dozzia a pověřili ho projektem, který by uspokojil přání a požadavky klienta - občana Rovinje. Dozzi nebyla tak silná osobnost a slavný architekt, jak to bylo Scalfarotto, a do projektu začlenila všechny požadavky svého klienta a nakonec mohla začít stavba. Základní kámen dnešního kostela byl založen 8. května 1725, 16. května 1728. všechny tři apsidy jsou zasvěceny v roce 1734. Boční loď byla zasvěcena a nakonec v roce 1736. další dvě lodě nebo celá církev. Od té doby až do dnešní doby kostel sv. Euphemia dominuje městu a mořské krajiny Rovinj.
Je také zajímavé, že kostel byl postaven na ostrově, protože to bylo až v roce 1763. úzký úzký kanál oddělující ostrov od pevniny; před výsevem ostrova a pevniny byly spojeny mobilním mostem. Nevíme přesně, kolik obyvatel mělo Rovinj během stavby kostela, ale víme, že v roce 1750 měl 8782 obyvatel, takže jedna taková stavba opravdu potřebovala.