O zriadení hradného múzea sa vo Fiľakove začalo uvažovať už v r. 1941. Pôvodcom myšlienky bol františkánsky páter K. König, ktorý založil prvú Hradnú komisiu. Komisia začala zhromažďovať finančné prostriedky na založenie inštitúcie a Maďarskému národnému múzeu do Budapešti poslala žiadosť o vykonanie archeologického výskumu fiľakovského hradu. Výskum sa začal v r. 1944 pod vedením dr. Jánosa Kalmára. Vojna však prerušila tak proces zakladania múzea ako i samotný výskum.
Prvé dodnes existujúce regionálne múzeum „slovenskej časti“ Novohradu vzniklo vo Fiľakove v r. 1951 pod názvom Okresné vlastivedné múzeum pre okres Fiľakovo. V r. 1960 bolo pretransformované na Mestské múzeum. V r. 1967 sa do mesta prisťahovalo Okresné vlastivedné múzeum pre okres Lučenec, sídliace od r. 1955 na haličskom zámku (od r. 1971 fungovalo pod názvom Novohradské múzeum vo Fiľakove), ku ktorému bolo Mestské múzeum pričlenené v r. 1976 ako jeho samostatné oddelenie. V období 1967 až 1984 existovali v meste dve stále expozície: expozícia Mestského múzea na prízemí františkánskeho kláštora a expozícia Novohradského múzea v priestoroch tzv. Vigada (budova mestskej reduty z r. 1900, od r. 1940 meštianska škola). V r. 1984 sa však Novohradské múzeum kvôli nevyhovujúcim priestorom odsťahovalo do Lučenca a v r. 1988 bola rozobratá aj expozícia v kláštore. Mesto, ktoré sa ešte nedávno pýšilo dvoma expozíciami, zostalo na rok nežnej revolúcie bez múzejnej inštitúcie.
V r. 1993 sa začala nová kapitola histórie fiľakovského múzea. Žiadosti mesta vyhovelo Ministerstvo kultúry SR, ako vtedajší zriaďovateľ Novohradského múzea, a časť zbierok Mestského múzea, chátrajúcich už šesť rokov v rôznych nestrážených depozitároch, bola darovaná mestu Fiľakovo. Obnovené Mestské múzeum sa stalo oddelením Mestského kultúrneho strediska a stála expozícia bola otvorená v r. 1994 v troch miestnostiach Vigada. Po pätnástich rokoch sa však ukázala potreba reorganizovania inštitúcie.